1530 Biga Livası Haritası’nda Kalafatlu ismiyle geçen köy aslında Eski Kalafat Köyü’dür. Günümüzde yaşayan köylüler tarafından da yeri bilinen ve Troya Ovası’na günümüzdeki köyden daha yakın olan Eski Kalafat Köyü’nün 1915 Çanakkale Savaşları öncesinde güvenlik nedeniyle terk edildiği düşünülmektedir. Günümüzde Troya Müzesi’nin güneybatısında yer alan Kalafat Köyü ise 1928 yılında gelen Bulgaristan göçmenleri tarafından kurulmuştur.
